Susanna Le Pera è nata a Roma.
Ha studiato archeologia classica, storia dell'arte e storia antica presso l'Università di Roma "La Sapienza".
Laureata nel 1980 in Rilievo e Analisi Tecnica dei Monumenti, presso l’Istituto di Topografia di Roma e dell’Italia Antica dal titolo, con una tesi "La via Sacra al Foro Romano".
I suoi interessi di ricerca sono la topografia di Roma antica e in generale, la storia della città di Roma nel corso dei secoli.
Ha particolarmente sviluppato gli studi sull’impiego di metodologie informatiche allo studio dell’archeologia e della storia della città.
Dal maggio 1988 è Funzionario Archeologo del Comune di Roma, è responsabile del Progetto di carta archeologica di Roma "Forma Urbis Romae".
Nell’ambito della redazione dei PRG di Roma ha partecipato alla redazione gestione della "Carta Archeologica Monumentale e paesistica del Suburbio e dell'Agro Romano", e della Carta per la Qualità.
Dal 2000 è uno dei direttori del progetto "DESCRIPIO ROMAE", un sistema informativo geografico basato sulle mappe di Catasto Gregoriano.
Dal 2017 è la coordinatrice del progetto PON METRO denominato FORMA ROMAE.
Membro della Pontificia commissione di Archeologia, curatrice delle Collane “Monografie della Carta dell’Agro” e “Quaderni della Carta dell’Agro”, redattore del Bullettino della commissione Archeologica Comunale, è autrice di numerosi libri e articoli scientifici di archeologia romana, architettura e ingegneria antica, nonché sullo sviluppo storico della città di Roma.